Trưa ngày 9/5, luật sư Võ Văn Quan vào thăm Ngô Đình Cẩn lần cuối cùng. Sau này, ông Quan kể lại cho nhà báo Phan Kim Thịnh: "Sáng sớm ngày 9/5, cháu Ngô Đình Cẩn là Trần Trung Dung vào thăm. Ông Cẩn nói chuyện một cách thản nhiên, không hề biểu lộ thái độ lo lắng, sợ sệt. Người cháu gái thì ngồi cạnh giường, khóc và nguyền rủa những kẻ phản phúc nhà họ Ngô. Nhưng ông Cẩn điềm tĩnh nói: "Không có gì đáng buồn mà phải khóc lóc. Làm chính trị là phải như thế. Cậu không có gì oán thán hết".

Nhìn đồng hồ đã thấy gần 12h trưa, Ngô Đình Cẩn bảo: "Luật sư đưa cho tôi cái danh thiếp của ông". Ông Quan ngạc nhiên không hiểu lúc này Ngô Đình Cẩn còn muốn có danh thiếp của mình để làm gì. Nhưng chiều ý, ông vẫn lấy danh thiếp đưa cho Ngô Đình Cẩn.

Ông Cẩn lấy bút viết vào phía sau danh thiếp: "Xin hết lòng đa tạ" và viết tên Ngô Đình Cẩn. Đưa lại danh thiếp cho luật sư, Ngô Đình Cẩn dịu giọng nói: "Tôi xin gửi lại chút này để cám ơn luật sư đã hết lòng biện hộ cho tôi". Luật sư Quan bối rối: "Thật sự tôi có giúp được gì cho ông đâu, họ vẫn xử tối đa". Ông Cẩn khẽ lắc đầu, gượng cười: "Vấn đề không phải ở đó. Viết mấy chữ này, tôi muốn tỏ lòng tri ân đối với người luật sư không từng quen biết, nhưng đã tận tình và can đảm nói lên giữa phiên tòa những gì tôi muốn nói".

Ngô Đình Cẩn bị kết án tử hình ngày 22 tháng 4 và đem ra bắn lúc 18 giờ 20 phút ngày 9 tháng 5 năm 1964. Ông được chôn tại nghĩa trang sân bay Tân Sơn Nhất, về sau quy tụ về nghĩa trang Lái Thiêu (tỉnh Bình Dương), nằm chung với hai anh Ngô Đình Diệm, Ngô Đình Nhu và mẹ Phạm Thị Thân.

Năm 1989, tướng Trần Văn Đôn có viết cuốn hồi ký "Việt Nam nhân chứng", và khi nói về cái chết của Ngô Đình Cẩn, ông ta viết như sau: "Vài tháng sau ngày chỉnh lý, tướng Nguyễn Khánh có phái đại tá Lâm Văn Phát thông qua bà Trần Trung Dung và nhờ chuyển lời nói với ông Cẩn rằng, hãy chuyển số tiền 6 triệu USD mà ông Cẩn có trong một ngân hàng Thụy Sĩ cho tướng Nguyễn Khánh. Đổi lại tướng Khánh sẽ cho một chiếc phi cơ đưa ông Cẩn đi Singapore. Bà Trần Trung Dung yêu cầu đừng ghi âm khi bà ấy vào khám hỏi ông Cẩn. Sau khi nghe bà Dung trình bày, Ngô Đình Cẩn không chịu giao số tiền đó cho ông Khánh, rồi hỏi bà Dung có cần lấy thì ông giao cho. Lúc đó bà Dung sợ liên lụy nên không dám nhận. Mấy ngày sau, nhân dịp một vị linh mục vào làm lễ cho ông Cẩn, ông đã ký giấy ủy quyền cho nhà dòng Cứu Thế số tiền đó. Giấy ủy quyền được để trong một cuốn kinh Thánh...".